Alors que l’homme continue de souiller la Terre, cette dernière semble réagir, et l’on voit apparaître en différents endroits du monde de mystérieuses créatures. Surgies des entrailles de la Terre, ces monstres capables de dissoudre les êtres humains d’un seul regard, n’ont qu’une seule mission: nettoyer la Terre de l’humanité polluante. Alors qu’il vient d’assister au meurtre de ses amis et qu’il est lui-même sur le point de mourir, Haruto, un jeune lycéen, est sauvé de justesse par un corps armé spécialisé dans le combat contre ces créatures: les Pillars Breakers. Mais Haruto ne se sent plus le même depuis qu’il a reçu un éclat de créature. Aurait-il gagné un pouvoir qui aidera à sauver l’humanité ?